予約した振込を取り消したら、利用回数のカウントも取り消されますか？

いいえ、利用回数のカウントは取り消されません。

「振込・振替」「税金・各種料金の払込」は、承認登録をした時点で利用回数がカウントされます。その後に取り消しを行った場合でも、利用回数のカウントは取り消されません。